La flessibilità di gestione che connota il programma annuale si concretizza nella possibilità accordata alle istituzioni scolastiche di poter apportare tutte le modifiche che nel corso dell'anno scolastico si dovessero rendere necessarie per adeguare le previsioni alle mutate esigenze amministrative e didattiche. Le operazioni di modifica sostanzialmente consentono  di adeguare la programmazione didattica della scuola che segue l'anno scolastico con l'attività finanziaria che segue, invece, l'anno solare.

La modifica del programma annuale  può rendersi necessaria la la conclusione del precedente anno scolastico e l'inizio del nuovo. Al termine delle attività didattiche, secondo quanto disposto dall'art.10 del Decreto n.129/2018: “Il consiglio d'istituto verifica  le disponibilità finanziarie e lo stato di attuazione dei singoli progetti/attività compresi nel programma annuale, al fine di apportare le opportune modifiche”, sulla base di apposito documento predisposto dal dirigente e dal Direttore SGA.

In coincidenza, quindi, con la cessazione delle attività didattiche si vuole accertare quale sia lo stato d'attuazione del programma annuale e dei singoli progetti/attività che lo compongono, al fine di poter operare gli eventuali correttivi che si dovessero rendere necessari. 

Successivamente, con l'avvio del nuovo anno scolastico, si può valutare la necessità di effettuare  le modifiche al programma annuale per tenere conto delle necessità legate all'avvio del nuovo anno scolastico. La verifica avviene in seno al consiglio d'istituto sulla base di una specifica relazione elaborata  dal Dirigente scolastico nella quale devono essere motivate le ragioni di opportunità per spostare le risorse finanziarie da una aggregato/voce all'altra in relazione alla priorità di scelta degli obiettivi da perseguire e sulla base di  analoga relazione che deve predisporre il Direttore SGA,  nella quale deve essere evidenziata la situazione relativa alle entrate accertate, alla consistenza degli impegni assunti, nonché i pagamenti eseguiti (mod. H bis). Sulla base delle registrazioni contabili effettuate, il Direttore SGA predispone le schede di attuazione  del programma annuale  e rendiconto progetto.