I residui passivi vengono eliminati attraverso la via normale del pagamento e anche per effetto dell'istituto della “perenzione amministrativa”.In virtù della perenzione amministrativa i residui passivi sono dichiarati perenti agli effetti amministrativi, e cancellati dalle scritture contabili per pura semplificazione contabile se non vengono pagati entro un certo periodo di tempo, senza peraltro pregiudicare  gli eventuali diritti dei creditori.I termini per l'applicazione della perenzione amministrativa erano originariamente disciplinati dall’articolo 36, comma 1 del Regio Decreto n. 2440/1923. Tale disposizione è stata, in un primo momento modificata dall’articolo 10, comma 8 della Legge n. 111/2011. Successivamente  è stata poi abrogata dal  D.l.vo 12/5/2016, n.93.di conseguenza, i termini per l'applicazione della perenzione ora sono disciplinati dal comma 34 bis alla legge n.196/2009 come novellato dal D.L.vo n.93/2016, con il quale si è stabilito che si considerano perenti agli effetti amministrativi : “i residui delle spese correnti  non pagati entro il 2°  esercizio successivo a quello in cui è stato assunto il relativo impegno di spesa, e le spese in conto capitale non pagati entro il 3°esercizio successivo a quello dell'assunzione dell'impegno di spesa.

Al termine dell'ultimo degli esercizi dinanzi citati gli impegni di pagamento rimasti inestinti devono essere dichiarati perenti. 

Gli atti che bisogna predisporre per la perenzione dei residui passivi. 

La perenzione dei debiti dell'istituzione scolastica  deve essere supportata da idonea documentazione da allegare alla proposta del Dirigente:

1. Relazione del Direttore SGA di individuazione  dei residui da dichiarare perenti;

2. Proposta  del Dirigente al Consiglio d'istituto;

3. Deliberazione di approvazione del Consiglio di istituto;

I residui passivi eliminati perché perenti possono essere ancora ammessi a pagamento

I residui passivi eliminati, per effetto della perenzione amministrativa, possono essere ancora rimessi in pagamento, su domanda degli aventi diritto, come spesa in conto competenza attraverso un adeguato finanziamento del fondo di riserva nel bilancio di previsione dell'esercizio finanziario successivo, purché nel frattempo non sia intervenuta la prescrizione del diritto.L'operazione di accertamento dei residui passivi dichiarati perenti, sarà finanziata mediante il prelevamento dal fondo di riserva della somma occorrente per pagare il debito dichiarato perente.Tanto la dichiarazione di perenzione dei residui passivi quanto il loro riaccertamento, a seguito di richiesta del creditore, deve essere oggetto di apposita deliberazione del consiglio d'istituto.